「きょうしつ」と「ホームルーム」は、確かに異なる意味を持ちます。
「きょうしつ」は、一般的な「教室」を指し、授業や活動が行われる場所です。
「ホームルーム」は、主に学校のクラスや学級の時間を指し、生徒の出席や連絡事項を確認するための時間です。
実生活では、「教室」がよく使われますが、「ホームルーム」も特定の文脈で使われていると考えられます。
どちらを使うかは、シチュエーションによって変わりますので、場面に応じて使い分けてください。
ご質問ありがとうございました。